Eigentlich war das Problem schon gelöst. Doch wie immer zeigt die tägliche Praxis das alles ein etwas komplexer ist. Zuerst funktionierende Lösung: http://newyear2006.wordpress.com/2008/09/18/terminal-server-2003-und-twain-schnittstelle-problem/
Aber als dann einen Tag damit gearbeitet wurde, stellte sich heraus, dass nicht alle Benutzer damit arbeiten konnten. Bei Benutzern mit nur Standardrechten war wieder keine Scannerquelle da.
Auf der Suche nach einer Lösung wurde ich hier fündig:
http://www.twainforum.org/phpBB2/viewtopic.php?p=4573&sid=c320c14a148bc94ee6aa73854ef08e45
Der dahinterstehende Knowledge Base Artikel:
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb%3Ben-us%3B186499
Da das Scannen mit dem MSOffice Dokumentenscanner-Tool funktionierte wurde einfach der Flag-Wert von MSOffice auf das betreffende Programm übertragen und fertig.
Auf der Suche nach einer Lösung wurde auch diese Seite gefunden, wo eine Twain-Komponente aktiv auch für C# vermarktet wird, ein hilfreiches Tool zum Testen dabei ist sowie ein aktives Forum: http://www.dosadi.com/index.htm.
Auch noch interessant:
http://www.twain.org/faqs.shtm
http://support.citrix.com/article/CTX107411
